La science citoyenne dévoile le premier portrait complet du microbiome oral
La diversité du microbiome oral change de manière significative avec l'âge, selon les résultats d'une nouvelle étude publiée aujourd'hui dans la revue scientifique npj Biofilms and Microbiomes, développée par l'équipe scientifique "Saca la Lengua" du Centre de régulation génomique (CRG), dirigée par le Dr Toni Gabaldón, avec le soutien de la Fondation "la Caixa".
L'étude de 1 648 personnes, âgées de 7 à 85 ans, réparties dans toute l'Espagne, révèle l'existence d'une tendance parabolique qui se traduit par trois stades distincts dans la composition des micro-organismes résidant dans la bouche.
Selon les auteurs de l'étude, les adolescents ont un microbiome oral très biodiversifié qui varie fortement d'une personne à l'autre, ce qui peut être lié aux changements hormonaux et d'habitudes durant cette phase. Les personnes d'âge moyen ont une biodiversité plus faible et aussi une composition plus homogène entre les individus, ce qui représente un stade de grande stabilité. À partir de 60 ans, la biodiversité et les différences entre les individus augmentent à nouveau et de manière très importante.
Les auteurs de l'étude ont réalisé que la grande diversité du microbiome oral chez les personnes âgées était à l'origine de l'établissement d'espèces opportunistes rares, presque toutes liées à des maladies buccales telles que la parodontite. Les auteurs postulent que la différence entre l'âge moyen et l'âge avancé pourrait être due à des différences dans le système immunitaire, qui s'affaiblit avec l'âge et rend la cavité buccale plus susceptible d'être colonisée par des espèces opportunistes qui seraient normalement rejetées.
Afin de comprendre les caractéristiques de l'environnement et/ou du mode de vie qui influencent le microbiome oral, les participants à l'étude ont rempli un questionnaire portant sur 80 aspects différents du mode de vie, de l'alimentation, de l'hygiène et de la santé.
Les facteurs associés à des modifications importantes du microbiome oral sont liés à des maladies chroniques telles que la mucoviscidose ou à des syndromes tels que le syndrome de Down, suivis par des facteurs liés au mode de vie tels que le fait de fumer. Chacun de ces facteurs a modifié le microbiome d'une manière particulière, entraînant un signal spécifique. La maladie cœliaque, l'hypertension et l'utilisation d'antibiotiques ont également joué un rôle, mais dans une moindre mesure.
L'impact des relations sociales et familiales influence également la composition du microbiome oral. Les membres d'une même famille - par exemple, des parents et des enfants, ou deux frères ou sœurs - ont un microbiome plus similaire que celui de deux personnes de familles différentes. L'association existe même entre les membres d'une même classe d'école, une constatation qui amène les auteurs à postuler que le fait de partager le même environnement, même pendant quelques heures par jour, peut affecter de manière significative le microbiome oral.
Les résultats, qui constituent la première étude des changements dans la diversité du microbiome oral avec l'âge, pourraient accélérer le développement de techniques utilisant la salive pour rendre compte de l'état de santé des individus.
"La santé bucco-dentaire est liée à l'ensemble du corps humain. C'est pourquoi la salive contient beaucoup d'informations utiles qui peuvent fournir des informations complémentaires à d'autres tests tels que les analyses de sang. Les résultats de "Saca la Lengua" fournissent un dictionnaire qui aide à interpréter le langage du microbiome oral de telle sorte qu'un jour, l'échantillonnage de la salive pourrait être aussi routinier que les tests sanguins ou urinaires", déclare le professeur Toni Gabaldón, directeur scientifique du projet "Saca la Lengua" et actuellement chef de groupe à l'Institut de recherche en biomédecine (IRB Barcelone) et au Centre de supercalcul de Barcelone (BSC-CNS).
L'étude a révélé que les personnes atteintes de maladies chroniques telles que la mucoviscidose ou de syndromes tels que le syndrome de Down ont un microbiome oral différent et caractéristique. Les différences constatées sont liées à des problèmes spécifiques à ces personnes. Par exemple, une présence plus élevée d'espèces associées à la parodontite chez les personnes atteintes du syndrome de Down, et une présence plus élevée d'agents pathogènes opportunistes des voies respiratoires chez les personnes atteintes de mucoviscidose. Une meilleure compréhension du microbiome oral chez ces personnes ouvre la voie à des traitements ciblés pour réduire ces risques, qui pourraient consister en des pré ou probiotiques spécifiquement conçus à cet effet.
"Saca la Lengua" est un projet de science citoyenne promu par le Centre de régulation génomique et la Fondation "la Caixa" qui visait à découvrir la variété des micro-organismes qui vivent dans nos bouches. La première édition du projet a été lancée en 2015 avec pour objectif de déterminer la relation entre le microbiome oral et les caractéristiques environnementales et/ou de mode de vie chez les adolescents.
Suite au succès du premier projet, la deuxième édition de " Tire la langue " a été lancée en 2017 dans le but d'élargir le premier portrait du microbiome oral avec des données provenant d'autres groupes d'âge ou de patients atteints de certaines maladies comme la maladie cœliaque, la fibrose kystique ou des syndromes comme le syndrome de Down.
L'équipe scientifique de "Saca la Lengua" a visité plus de 30 écoles et centres civiques dans plusieurs villes d'Espagne. L'équipe a mis en place une camionnette avec l'équipement nécessaire pour le traitement initial des échantillons de salive, parcourant plus de 7 000 kilomètres entre la Catalogne, les îles Baléares, la Communauté valencienne, Murcie, l'Andalousie, Madrid, la Galice, le Pays basque et l'Aragon
"Ce projet a été conçu dès le départ comme un projet participatif, dans lequel les citoyens pouvaient contribuer non seulement avec un échantillon de salive, mais aussi avec les questions à explorer et la hiérarchisation des données à analyser", explique la docteure Elisabetta Broglio, coordinatrice des sciences citoyennes au CRG. "Entre les associations de patients, les bars, les musées, les écoles, les centres civiques et les salles de classe des personnes âgées, tout le monde a mis la main à la pâte pour participer à l'étude. Sans cette participation massive, il aurait été impossible d'obtenir des résultats avec ce niveau de résolution."
La première édition de "Saca la Lengua" a connu un succès retentissant. C'est pourquoi nous avons lancé une deuxième édition, afin de faire progresser nos connaissances sur le microbiome. Lorsque nous avons conçu l'idée, nous n'aurions pas pu prédire le succès du projet, tant sur le plan de la science citoyenne que sur le plan scientifique. C'est un exemple de projet innovant dans lequel les citoyens ont joué un rôle essentiel", déclare le Dr Luis Serrano, directeur du CRG.
Le projet "Saca la Lengua" bénéficie du soutien et de la contribution des sociétés Illumina, Eppendorf, miniPCR et ThermoFisher Scientific. Les services de génomique et de bioinformatique du CRG, essentiels au développement du projet, sont cofinancés par l'Union européenne par le biais du Fonds européen de développement régional (FEDER).
