Certains tests antigéniques sont 10 fois moins sensibles contre certaines variantes du SARS-CoV-2, mais efficaces avec l'omicron
Les tests antigéniques rapides, conçus pour détecter la variante originale du SARS-CoV-2, ont été un outil essentiel pendant la pandémie de COVID-19. Avec l'apparition de nouvelles variantes, l'équipe de l'Institut de recherche sur le sida IrsiCaixa - un centre promu conjointement par la Fondation "la Caixa" et le département de la santé de la Generalitat de Catalunya - a vu la nécessité d'étudier si celles-ci compromettent la sensibilité des tests. Les résultats, publiés dans la revue Frontiers in Microbiology, montrent que, dans des conditions favorables, l'un des quatre tests étudiés perd sa sensibilité contre la variante alpha. Dans des conditions extrêmes, cependant, tous les tests deviennent 10 fois moins sensibles à la variante alpha et deux d'entre eux à la delta. Pour l'omicron et le bêta, la capacité de détection des tests étudiés n'est altérée dans aucune condition. L'étude, à laquelle participent Nesapor et le service de microbiologie de l'hôpital Germans Trias, souligne l'importance de valider la sensibilité des tests antigéniques à mesure que de nouvelles variantes du SRAS-CoV-2 deviennent disponibles.
Les tests antigéniques fonctionnent grâce à des anticorps qui, lorsqu'ils détectent une protéine du SARS-CoV-2 appelée nucléocapside, marquent une bande rouge qui accompagne la bande témoin, confirmant, par cette seconde marque, l'infection. La nucléocapside se trouve à l'intérieur du virus SRAS-CoV-2 et, pour la détecter, il faut décomposer le virus. C'est pour cette raison que les instructions impliquent de mélanger l'écouvillon que nous mettons dans notre nez avec un liquide, qui est responsable de la fragmentation du virus et de la libération de la nucléocapside afin qu'elle soit exposée au test. Au cours de l'étude, la capacité de quatre marques différentes de test antigénique - Roche, Nesapor, Siemens et Abbott - à détecter les variantes alpha, bêta, delta et omicron, qui ont été considérées comme préoccupantes à différents moments de la pandémie de COVID-19, a été évaluée. "Ces variantes contiennent des mutations dans la nucléocapside, nous les avons donc étudiées en laboratoire. Pour ce faire, nous avons utilisé des virus isolés de patients", explique Dàlia Raïch-Regué, premier auteur de l'étude avec Jordana Muñoz-Basagoiti, toutes deux chercheuses à IrsiCaixa.
Alpha est la variante la plus mal détectée et omicron et beta la meilleure
Les résultats de l'étude montrent que, dans des conditions favorables où les tests contiennent suffisamment de liquide pour bien fragmenter les virus et où, par conséquent, la nucléocapside est exposée, tous les variants peuvent être détectés par les quatre tests étudiés, à l'exception de l'alpha, qui n'est pas détecté dans l'un des tests. Lorsqu'un test d'antigène est effectué, plusieurs variables peuvent faire en sorte que la nucléocapside ne soit pas facilement détectée, comme une trop grande quantité de mucus dans l'échantillon. "Nous avons testé ce que seraient les résultats dans ces conditions extrêmes et nous avons constaté que tous les tests sont 10 fois moins sensibles à la variante alpha", explique Muñoz-Basagoiti. De plus, dans ces conditions, la variante delta est moins bien détectée dans deux des quatre tests étudiés. Ces résultats contrastent avec ceux des variantes omicron et beta, qui sont toujours correctement détectées par tous les tests, tant dans des conditions favorables qu'extrêmes. L'Omicron est l'une des dernières variantes préoccupantes et ces résultats sont donc positifs car ils indiquent que sa détection n'est pas compromise par les tests antigènes.
Il est important de surveiller la sensibilité des tests aux nouvelles variantes
Bien que les tests antigéniques fonctionnent bien et que leur utilisation reste primordiale pour le contrôle des pandémies, cette étude montre que leur efficacité peut être affectée par l'émergence de nouveaux variants et, pour cette raison, la surveillance est essentielle. Toutefois, pour ce faire, il est nécessaire de savoir exactement quelles régions de la nucléocapside chaque test antigénique détecte et de surveiller les mutations que les nouveaux variants incorporent pour prédire si elles affectent les régions détectées par le test. "Lorsque les tests antigéniques ont été mis au point, il n'était pas essentiel de connaître la région exacte du virus que les tests reconnaissent. L'important était qu'ils soient fiables pour diagnostiquer les cas positifs et négatifs. Cependant, avec l'émergence de nouveaux variants, cette fiabilité peut être compromise, et nous devons donc faire des efforts pour que ces régions soient identifiées. Ce n'est qu'ainsi que nous pourrons effectuer un suivi rapide et efficace", déclare Nuria Izquierdo-Useros, chercheuse à IrsiCaixa.
L'utilité des tests rapides réside dans leur capacité à détecter les individus infectés dès qu'ils deviennent contagieux afin de les isoler et d'arrêter la chaîne de transmission. "Malgré l'assouplissement des mesures anti-COVID-19, il est important de poursuivre cette surveillance. Si nous ne le faisons pas, nous risquons de ne pas savoir que la sensibilité des tests aux nouveaux variants est très faible, comme c'est le cas pour l'alpha, et que nous ne pouvons pas détecter correctement les personnes infectées dans les premiers stades", conclut Julià Blanco, chercheur de l'IGTP à IrsiCaixa. Le chercheur souligne que, pour éviter que cela ne se produise, il est nécessaire d'effectuer un contrôle et, en outre, de concevoir des tests visant spécifiquement les parties les plus constantes et les moins mutées de la nucléocapside.
